Tên lúc sinh là Mez-m Ngueme, Macías Nguema là con của một pháp sư bị cáo buộc đã giết chết em trai của mình. Ông thuộc về nhóm dân tộc Fang lớn nhất nước này. Lúc là một cậu bé 9 tuổi, Nguema đã nhìn thấy cha của ông bị đâm bởi một viển quản lý thực dân Tây Ban Nha khi ông cố gắng tận dụng địa vị tộc trưởng của ông ta để đàm phán về mức lương cao hơn cho người của ông ta. Nguema bị mồ côi một tuần sau đó khi mẹ ông tự tử, để lại cậu bé và 10 anh chị em tự bào chữa cho mình.